Kazuya a intégré l’académie Genetics pour combattre les Nova, des créatures venues d’une autre dimension. C’est là qu’il rencontre Satellizer, la "reine intouchable", en qui il croit reconnaître sa soeur décédée. Après avoir dû faire face aux défis des Pandora des classes supérieures, les deux jeunes recrues se rapprochent de plus en plus. Alors que les attaques des Nova sont à chaque fois plus dévastatrices et meurtrières, les humains décident d’officialiser le "plan E" qui vise à créer des Pandora artificiellement. Sommée de montrer rapidement des résultats probants, l’équipe du centre de recherches où sont menées les expériences est contrainte d’administrer à une jeune cobaye un stimulant, le Mark IV, en le présentant comme un biostabilisateur. Mais le processus s’emballe, et ils perdent le contrôle de leur toute nouvelle e-Pandora…